在企业破产重整过程中，重整计划的执行将导致企业股权变更、注册资本变动、法定代表人变更等涉及企业重大事项的改变。这些改变需要及时完成商事变更登记，否则可能会造成重整计划无法执行，甚至重整程序面临失败的风险。

如果原股东不配合办理股权变更登记，这将成为重整的一个难题。此外，由于工商管理机关自身流程的复杂性以及企业性质的特殊性，对于正在清理相关债权债务过程中的破产重整企业来说，其工商登记变更也是一个问题。因此，法院在审查重整申请时，会针对债务人的资产状况、工艺技能、行业前景等因素进行综合评估，判断债务人是否具备重整能力以及是否有重整原因。

企业在破产重整期间进行设立登记变更需按照以下步骤进行：

  1. 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，向工商行政管理部门提交申请。
  2. 提交所有所需的相关文件，包括营业执照正本、公司章程、批准证书副本、营业执照副本、公司法定代表人身份证明等。
  3. 工商行政管理部门对申请进行审核，审核通过后颁发新的营业执照。

企业需要注意的是，在此过程中需要遵守相关法律法规，以及工商行政管理部门的要求，并及时提供所需的文件和材料。